Khi hệ thống CNC được kích hoạt, các đường cắt mong muốn sẽ được lập trình vào phần mềm và được ra lệnh cho các công cụ và máy móc tương ứng, thực hiện các nhiệm vụ về kích thước được chỉ định, giống như một robot.

Trong lập trình CNC, bộ tạo mã trong hệ thống số thường sẽ cho rằng các cơ chế là hoàn hảo, mặc dù có khả năng xảy ra lỗi, điều này càng lớn hơn bất cứ khi nào máy CNC được hướng dẫn cắt theo nhiều hướng cùng một lúc.Vị trí của một công cụ trong hệ thống điều khiển số được vạch ra bởi một loạt các đầu vào được gọi là chương trình chi tiết.

Với máy điều khiển số, các chương trình được nhập qua thẻ đục lỗ.Ngược lại, các chương trình của máy CNC được đưa vào máy tính thông qua bàn phím nhỏ.Lập trình CNC được giữ lại trong bộ nhớ của máy tính.Bản thân mã được viết và chỉnh sửa bởi các lập trình viên.Do đó, hệ thống CNC cung cấp khả năng tính toán mở rộng hơn nhiều.Điều tuyệt vời nhất là hệ thống CNC không hề tĩnh vì các lời nhắc mới hơn có thể được thêm vào các chương trình có sẵn thông qua mã được sửa đổi.